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共同通信によると、菅官房長官が記者会見で明らかにした。現場海域では海上保安庁の巡視船が注意喚起し、警戒に当たった。海洋調査船は現在は竹島領海を離れている。
ＮＨＫによると、菅官房長官は記者会見で、「韓国側には外交ルートを通じて海洋調査船の航行について説明を求めるとともに、仮に調査活動を行っているのであれば、わが国の同意のない調査活動は認められないと強く抗議した」と述べた。日本政府によると、韓国側は２００６年７月にも竹島周辺で海洋調査を行っており、この時も韓国側に強く抗議したという。