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不適切な手法が採用されていたのは、雇用保険の失業給付や労災保険の算定にも利用されている「毎月勤労統計調査」。本来、従業員数５００人以上の大規模事業所については全事業所を調査することになっていたが、東京都分については対象となる事業所の一部を抽出して調査していた。このため、賃金が比較的高い大規模事業所が、実際には数多く調査対象から外れ、同省によると２００４年以降、調査における賃金額が低めに出ていたという。
給付が過少となっていた対象者数は約１９７３万人で、２００４年までさかのぼって不足分を追加給付する。
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