特捜部は市民団体などから刑事告発を受けて捜査を進めた。そして2018年5月、国有地売却については撤去費の積算が不適正とは言えず、決裁文書改ざんも「改ざん後の文書に虚偽の内容が含まれていない」として、佐川氏を含め、告発された38人全員を不起訴にした。
これに対し、大阪第1検察審査会は2019年3月、佐川氏ら10人に対する不起訴不当を議決し、特捜部が検事約10人態勢で約3か月半にわたって再捜査。しかし、国有地売却では値引きが不当とまでは言えず、決裁文書改ざんも過去の同種事件と比較した結果、明らかな虚偽の記載がなければ起訴に値しないと判断した。
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