聖火リレーは、福島県の「ナショナルトレーニングセンターＪヴィレッジ」を出発し、日本の全47都道府県を回る。聖火リレーの日程とルートは従来の計画を維持する方針。
また大会組織委員会は、安全で安心な聖火リレーを実施するために新型コロナウイルス対策について検討しているほか、聖火リレーの簡素化・効率化も図っているという。先に、大会組織委員会は大会延期に伴う追加経費削減のために52項目にわたる簡素化を検討していると報じられた。
国際オリンピック委員会（IOC）と東京オリンピック・パラリンピック組織委員会は3月末、新型コロナウイルスの大流行により大会を2021年に延期すると発表した。東京オリンピックは2021年7月23日から8月8日に開催される予定。