194人の被験者の結果を分析した結果、コーヒーは適度に摂取した場合、消化プロセスにより刺激を与えることがわかった。コーヒーは食物が大腸を通過するのを助け、腸内の善玉細菌の数を増やし、胆石のできるリスクを下げ、肝臓に発がんリスクを下げるなどの防止効果をもたらす。
レビュー執筆者の仏国立保健医療研究所（INSERM）の名誉研究部長、アストリード・ネリング博士は「コーヒーの摂取が腸や消化器系に問題になるという説もあるが、実際にはそれとは関係はない。逆によくある消化器官の不調にはコーヒーが効果をもたらす場合もある」と指摘する。
研究でコーヒーは水よりも60％、カフェインレスの代替コーヒーよりも23％、大腸の運動を促進することがわかった。論文の筆者は、コーヒーに慢性の便秘を解消する効果があるのはこれと関係があるとの見方を示している。
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