システム障害は16日午前4時半頃に発生。国内線、国際線ともに自動搭乗手続きやオンラインチェックインでの予約ができない状態となった。各空港では職員が手作業で搭乗手続きを行い、49便が30分以上遅延し、4000人以上に影響が出た。システムは午後2時半すぎに復旧し、自動搭乗手続きが利用できるようになったほか、フライトの遅れもほぼ解消した。JALの発表によると、原因は社内と社外のシステムを接続するサーバーの不具合だったという。同社は不具合が発生した詳しい原因を調査している。