報道によると、沖縄本島以外で南西諸島にある駐屯地は沖縄県の与那国島と宮古島、鹿児島県の奄美大島に続いて4カ所目。
石垣駐屯地のトップにあたる司令に着任した井上雄一朗1等陸佐は16日、報道陣に対し「隊員が一致団結し、島と住民を守る断固たる決意で教育訓練に励んでいく」と述べた。
一方、駐屯地の前では反対する住民による抗議活動が行われた。住民たちは「石垣島にミサイル基地はいらない」とシュプレヒコールを上げた。
沖縄県の玉城デニー知事は15日、石垣駐屯地の開設を前にコメントを発表し、「政府に対して配備スケジュールありきで物事を進めることがないよう求めてきたが、現状は必ずしも十分に住民合意が得られているとは言い難い状況だ」と批判した。
石垣市の中山義隆市長は石垣駐屯地の開設について「石垣島は最後になったが、これで、鹿児島県の奄美以南の南西諸島の防衛の形が整ったことになる」と話し、石垣島で日米共同訓練の打診があった場合の対応については「共同訓練自体は否定しない」とした上で、「場面、場面で判断していきたい」と述べた。