今回の発見は偶然の産物ではない。ミトラの地下神殿については、聖職者のフランシスコ・デ・ブルゴア（1600－1681）が1674年に書いた文書の中に記述がある。ブルゴアは4つのホールがつながった巨大な地下神殿あり、そのうち1つのホールには深い洞窟につながる石の扉があると書いていた。サポテカ文明ではこの扉は「リオバア」（憩いの場）と呼ばれる死後の世界への入り口とされてきた。ブルゴアは、洞窟は戦で命を落とした領主や指導者の遺体の埋葬地と考えていた。後日、スペイン人の兵士ら、キリスト教の宣教師らによって洞窟は埋められてしまったため、古代の神殿は破壊されてしまった。現在、地下神殿があった場所の上には聖パウロ教会がたっている。
教会の地下に存在していた古代神殿の発見には地中レーダー探査、電気比抵抗トモグラフィー、地震波トモグラフィといった最新の土壌の探査方法が役に立った。これらの方法はさまざまな土壌の特性を把握し、地下空洞や埋蔵物を特定することができる。
その結果、地中レーダー探査、電気比抵抗トモグラフィーによって、聖パウロ教会の主祭壇の下に大きな空洞があることが確認された。その空洞は教会の北側にある別の空洞につながっているのではないかと予想されたため、チームが探っていくと、東側から5～8メートルの深さの主空洞に通じる2本の通路と、塞がれていた入り口を見つけることができた。
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