調査報告書によると、2機はそれぞれ別の指揮官の指示を受けて飛行していたが、衝突の約4分前にそれぞれが潜水艦を捜索する指示を受け、別の場所から同じ地点に向かった。
その結果、直進していた1機と、旋回していたもう1機が衝突した。機内での乗員の見張りが不十分だったことが指摘されている。
また、2機の指揮官の間で情報共有が十分に行われないなど連携が不足し、衝突回避のため高度差を確保する指示も出していなかったとして、高度管理が不十分だったと結論づけている。
今後は見張りを徹底し、複数機が同じ空域で活動する場合は指揮官による高度管理を厳格に厳格化するなどの再発防止策を挙げている。
海自は同型機による複数での訓練を見合わせてきたが、9日から再開する。