自衛隊と米軍が円滑に協力できる体制を整え、中国や北朝鮮をにらんだ抑止力・対処力を向上させることが新組織設立の狙い。在日米軍司令部の権限は現在、基地の管理などに限定され、実動部隊の指揮や自衛隊との調整は米ハワイのインド太平洋軍司令部が担っている。日本との間に距離や時差があるため、有事に自衛隊と米軍が円滑に連携するには、在日米軍司令部の権限強化が必要だと指摘されてきた。
一方の日本側は陸海空3自衛隊を一元的に指揮する「統合作戦司令部」を2024年度末に設立する。これは東京・市谷に240人規模で発足する模様。