モスクワ動物園にはケガをしたり弱っている動物が運ばれてくることもある。かつて衰弱したアジアゾウのパミールとピピタ、 食べ物を探して人里に出てきたアムールトラのティーホン、車にひかれたアムールヒョウのエルブルスなどが搬送された。
リハビリテーションセンターにはコウモリが定期的に持ち込まれる。昨秋以降だけでも600匹以上が保護された。
またモスクワ動物園は、希少種の保護にも積極的に取り組んでいる。例えば、5月、繁殖センターに2羽のシマフクロウが到着した。絶滅危惧種に指定されているシマフクロウはロシアに300～400つがいしか生息していない。動物園ではシマフクロウの人工個体群の形成に取り組む。
また同センターでは毎年、コウジョウセンガゼルが誕生している。最近では、クリミアに分布する希少なヒョウモンナメラというヘビの赤ちゃんも生まれた。
モスクワ市はロシアの生物多様性を守るために、自然や希少種および絶滅危惧種の保護に関する20以上のプログラムに参加している。