パイプ状の取り出し装置は、格納容器の中まで別のパイプで押し込む仕組みになっているが、5本ある押し込み用パイプの並び順が誤っていた。下請け企業がこの作業の予行練習を行っていなかったことや、東京電力と元請け企業が取り出し着手の当日まで1ヶ月近くの間、現場で一度も並び順を確認していなかったことが判明した。現場は放射線量が高く作業時間が限られ、作業員は特殊なマスクを装着しており、十分な確認が難しかった可能性がある。東京電力はこうした状況や確認不足がミスの原因だったと分析しているという。