大阪府・豊中市では、不在者投票で比例代表の525票を投票箱に入れ忘れるミスがあり、無効票に。28日朝になって段ボール内で発見された。
同府富田林市でも保管ロッカーに32票が残されていた。
鹿児島1区では、「投票総数」が「投票者数」を20票上回った。外部から票が持ち込まれた可能性もある。原因は不明で、どれかも特定できず。
神奈川県綾瀬市では期日前投票で、確認不足のため投票権のない外国籍市民を別の有権者と誤認し投票用紙を交付、投票。その後、有権者本人が現れミスが発覚した。本人も投票し、外国籍市民の投票とあわせていずれも有効になった。
このほか全国各地で、システム停止が原因で一時受付ができず、有権者が待ちきれず帰宅してしまった事案や、投票用紙の二重交付、集計ミスによる発表遅れなどのトラブルが確認された。