これまで、各自衛隊の司令部はそれぞれ異なる場所に置かれ、平素はそれぞれの司令官が部隊を指揮していた。新設された統合作戦司令部は防衛相の命令のもと、各自衛隊を一元的に指揮する。
司令部トップの「統合作戦司令官」は部隊の指揮に専従であたるほか、米軍などとの作戦に関する調整も行う。統合作戦司令官には、南雲憲一郎・統合幕僚副長が就任した。
統合作戦司令部は、2022年末の国家安全保障戦略で導入された反撃能力（敵基地攻撃能力）の運用も担う。産経新聞は、長射程ミサイルの運用について、米軍に頼らず、統合作戦司令部が主体的に発射する基本原則を策定していたと報じている。