ソ連黒海艦隊にとってソ連崩壊およびそれに続く政治、経済の混乱期は深刻な衝撃だった。
１９９７年ロシアとウクライナは双方合意を締結。合意には、年間９億７７５０万ドルの使用料をロシア側がウクライナの抱える財政赤字の一部をロシアが代わって返済するという方法でのウクライナ領域における黒海艦隊基地の使用権、および使用期限を２０１７年５月２８日までとすることが明記されている。
２０１４年３月１８日にロシア、クリミア共和国間で行なわれたクリミア共和国のロシア連邦編入、ロシア連邦における新構成体の形成に関する条約調印により、ロシア、ウクライナ間の合意は失効し、ウクライナ領におけるロシア連邦黒海艦隊の法的使用は事実上、破棄された。
