世界の原子力学研究者らの前に立ちはだかる主要な問題は、いわゆる核またはプルトニウムの遺産問題だ。これは使用済み核燃料の再加工および原子力発電所からの取り出し、放射性廃棄物の保管、さらに使用期間の切れた原発および他の核施設の処理を示す。
ロシアにおける核廃棄物再処理工場の第１号はすでに１９７７年の時点で、チェリャービンスク州オゼルスク市に建てられた。現在、クラスノヤルスクでは試験的展示用の第３世代核廃棄物再処理センターが建設中で、これは年間250トンの核廃棄物を再生することになっている。これに続く、未来の第４世代の工場のコンセプトについて、株式会社「フロピン記念ラジウム研究所」のユーリー・フョードロフ副社長は次のように語っている。
「核廃棄物再処理工場は建てられるたびに向上している。我々の考えでは、第４世代の再処理工場は高い放射性廃棄物の保管をしなくていい状態のものでなければならず、環境に液状の廃棄物を出すことはない。第２に、ウラン、プルトニウムを出来れば直接原子炉の中で、数度の使用に耐えるＲＥＭＩＸ燃料のかたちで最後まで使用しきることが想定されている。このプロジェクトは既に進行しており、ひょっとすると来年にもバラコーヴォ（セヴァストーポリ州）の原発でＲＥＭＩＸ燃料を使った稼動が初めて行われる。第３に第４世代の再処理工場が出来ることで、核廃棄物を地面の深い部分に保管する必要がなくなる。」
廃棄物は地面を深く掘り下げて保管するかわりに、地下１００メートルよりも浅い、地表に近い部分に保管されるようになる。こうした保管方法はチェコ、ドイツ、米国など世界の多くの国で行われている。低濃度、または中程度の濃度の廃棄物をこのように保管する方法はロシアでも採られるようになる。
