彼は文官として、国防省に属し、陸軍の仕事を調整する責任者となる。先にファニング氏は、陸軍次官代行を務めていた。それ以前には、カーター国防長官の下、首席補佐官を務めていた。空軍次官、海軍次官代理を務めたこともある。ファニング氏は、退役するジョン・マックヒュー氏の後任となる。
ファニング氏は、米軍内でレズビアン、ゲイ、バイセクシュアル、トランスジェンダー（ＬＧＢＴ）など性的少数者の権利を推進する多数の措置を実施される中、オバマ大統領から指名を受けた。米国では、もし性的少数者が、自分のことを公言しない場合にのみ、彼らは軍務につくことが許されるとした規範「問わず話さず」（同性愛者であることを公言して軍務に就くことを禁じた施策）が2010年に撤廃された後、彼らも異性愛者同様、軍務につくことができるようになっている。
