内部のもうひとつのピラミッドが発見されたのは３Ｄ電気抵抗トモグラフィのおかげ。内部のピラミッドは高さ１０メートル、幅３０メートルの大きさで推定で紀元後５５０年から８００年に作られた。
ただし、今回内部で発見されたのは実は２つめのピラミッド。ククルカンの神殿が入れ子式になっており、内部にももうひとつのピラミッドがあることは１９４０年代の時点で考古学者によって明らかにされていた。
米サンディエゴのカリフォルニア大学人類学のジョフィリー・ブラスヴェッラ教授は「内部に見つかった３つめの『マトリョーシカ』は実際はいくつかの小型『マトリョーシカ』が組み合わさったもので、２つめのマトリョーシカの中にある可能性がある。現時点では正確にはわからない」と語っている。ポータル「Terra」が掲載した。
３つめのピラミッドが発見されたのは、２０１５年、ククルカンの神殿の下に深さ２０メートルの地下湖がある事が確認された時。
ククルカンの神殿の基礎部分には暦の原則がすえられ、天文学的な意味を持つものであったと考えられている。
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