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沖縄県の翁長知事は「強い憤りを感じている」と抗議の意を表明、安倍首相も「大変遺憾だ。安全第一で考えてもらわなければ困る」と述べ、米側に原因究明と再発防止を申し入れるよう指示した。朝日新聞によると、事故から一夜明けた12日、現場周辺は数百メートルの範囲で規制が続き、周辺住民からは「身震いする」「今すぐ飛行をやめて」との声が上がっていた。読売新聞によると、現場は民間の豚舎から約100メートル離れた場所で周囲には民家も点在する。
また共同通信によると、12日、安倍首相が事故の原因究明や再発防止について米側に任せるのではなく、防衛省・自衛隊の知見を最大限活用するよう指示したことが明らかになった。さらに同日、在日米軍のシュローティ副司令官は小野寺防衛相に、事故を起こした米軍のCH53Eヘリコプターの安全を確認するため、同型機の運用を停止すると伝えた。