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首相は昨年２月の国会答弁で、「私や妻が関係していたとなれば、首相も国会議員も辞める」と述べていたことが改ざんを引き起こしたとの野党の見方を否定。文書改ざんの支持も否定し、「そもそも（財務省）理財局内の決裁文書の存在すらも知らない。」と強調した。
また、時事通信によると、改ざんされた部分は「答弁をひっくり返すような記述では全くない」との見方を通した。
首相は夫人と学園の関係は改ざんに影響を及ぼさなかったとも主張。夫人が一時名誉校長に就任していたことも既に知られていたことだと指摘した。
