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石西礁湖のサンゴは水温の上昇とオニヒトデによる白化現象の被害から回復していない。
これは数十年間続いているプロセスで、石西礁湖のサンゴは大規模な白化現象の影響で、１９８０年代後半から８０％減少している。
白化現象は、異常に高い水温によりサンゴが藻類を放出して失うことで起きる。
人工衛星からの写真と約１０００箇所の地域モニタリングサイトの情報１０年分を分析した研究により、石西礁湖にある良好な状態のサンゴは１９９１年の１４．６％から１．４％に下落したと示す。
サンゴは水温が下がれば再び回復することができるが、数度に及ぶ大規模な白化現象により石西礁湖で回復は遅れている。最も最近の白化現象は２０１６年に起きた。
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