5日午前に行われた参議院予算委員会には、菅義偉首相と全閣僚が出席し、基本的質疑を行った。
立憲民主党の蓮舫代表代行への答弁として、加藤官房長官は、日本学術会議会員候補6人の任命除外をめぐる杉田副長官と内閣府のやりとりが保存されていると明らかにした。ただし、「人事に関する記録なので、提出は差し控える」と述べ、公表を拒否した。
菅首相は、杉田副長官から任命除外にまつわる報告を事前に受けたことに関し、「事務の副長官は各省庁の人事、総合調整を担当している。本件に関わるのは当然だ」と指摘した。
また、菅首相は「私が学術会議への懸念を伝えたことを踏まえ、杉田副長官が私に判断を求めた。任命権者は首相だ」と強調した。
立憲民主党の枝野幸男代表は、2日の衆院予算委員会における菅首相の答弁姿勢について「これだけ前例と異なることをしながら何の説明もしないのは許されない」と批判していた。
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