システム障害は日本時間2月28日午前に発生。ピーク時には全国各地の5395台のATMのうち4318台が利用できなくなったほか、ネットバンキングの一部取引も停止した。
また、各地のATMではキャッシュカードや預金通帳が取り込まれ戻らなくなる事態が発生し、その件数は合わせて5244件にのぼった。ATMを使った利用客には手数料を全額返金し、ATMに残っていた預金通帳などカードの返却を順次進めていくという。
記者会見で藤原頭取は、今回のシステム障害について、定期預金のデータ45万件を移行中、月末の取り引きの25万件が重なりシステムの一部に負担が生じたことが原因だと説明した。そのうえで「ご迷惑をおかけしたお客様、社会の皆様に深くおわび申し上げる」と陳謝した。
今回のシステム障害を受け、金融庁はみずほ銀行に対し報告徴求命令を出す方針を固めた。