登録区域は鹿児島県の奄美大島と徳之島、沖縄県の沖縄島北部と西表島の4島にまたがる。
島々には亜熱帯多雨林が広がり、奄美大島・徳之島の「アマミノクロウサギ」や、沖縄島北部の「ヤンバルクイナ」、西表島の「イリオモテヤマネコ」など、絶滅危惧種や地域の固有種が多いことで知られている。
世界遺産委員会は、独自の進化を遂げた固有種が豊富に分布する「生物多様性」を保全する上で、国際的にも重要な地域と評価した。
日本の世界自然遺産登録は10年ぶりで、白神山地（青森県・秋田県）、屋久島（鹿児島県）、知床（北海道）、小笠原諸島（東京都）に続き5件目。日本政府が候補とした全件が登録され、国内最後の自然遺産登録となる可能性が高い。
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