海洋調査は、海洋政策の専門家ら約25人による調査団が実施。調査団は31日午前中、東海大学の調査船「望星丸」で魚釣島、北小島、南小島などに接近。海水の採取や、ゴミの漂着状況の確認を行った。また、調査には中山義隆市長や市職員らも同行し、船上から島の視察を行った。調査中、中国海警局の船舶2隻が約4時間にわたり領海侵入し、調査船に接近。調査を妨害したとみられるが、接触事故などのトラブルはなかったという。石垣市は2月1日に会見を開き、調査内容を明らかにする方針。