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小野寺氏は、シュローティ在日米軍副司令官との１２日の会談に基づき運用停止期間は決まっていないとの認識を示した。小野寺氏が「（停止期間は）安全確認できるまでの間ということでいいか」と尋ね、シュローティ氏は「その通りだ」と応じたという。米軍の事故処理方針を巡り、日本側と米海兵隊の見解が食い違う異例の事態となっている。小野寺氏は、在日米海兵隊の方針に対し「おざなりな（安全確認）調査がされることがないよう自衛隊の専門家が対応したい」と述べた。
これに関し、防衛省が派遣した自衛隊ヘリのパイロットや整備士ら自衛官４人が１３日午前９時ごろ、事故現場入りした。安倍首相が、原因究明へ防衛省・自衛隊の知見を最大限活用するよう指示したことを受け、情報収集などを行うのが目的。日米地位協定の関連文書では、米軍の同意がない場合は日本の当局に米軍の「財産」の捜索や差し押さえをする権利はないとされる。
一方事故当時の状況について、ヘリコプターは不時着前、海上を飛行中に３つあるエンジンのうち１つで火災が発生したと警告灯が点灯し機内に煙が侵入したため、このエンジンを停止して残りのエンジンで民家のない着陸場所を探して飛んでいたと、琉球新報が伝えている。
また同紙によると１２日、北中城村の米軍キャンプ瑞慶覧石平ゲート前では抗議集会が開かれ、２００人を超える市民が参加したという。
さらに共同通信によると、沖縄県議会は現場周辺の米軍ヘリパッドの使用禁止を求める抗議決議案を１６日の本会議で可決する見通しとなった。
