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同通信は空港代表者らの話として、航空自衛隊所属のF15戦闘機2機が、同国領空の境界線近くを飛行していた外国機1機に対し緊急発進することになっていたと伝えている。この時、乗客35人が乗った琉球エアーコミューターの民間機が着陸に向け進入していた。
空港管制官は、戦闘機2機のパイロットに対して停止した上で民間機の着陸まで滑走路に出ないよう指示したと述べている。一方、自衛隊側は、管制官の指示をはっきりとは聞き取れなかったと主張していると、同通信は指摘している。
結果として、空港管制官は民間機のパイロットと連絡を取り、着陸を停止させなければならなくなった。この時、民間機は滑走路から5キロの距離にあり、高度300メートルを飛行していた。同通信の説明によると、戦闘機2機は事実上すぐに飛び立ち、着陸許可が最初の指令から2分後に管制官によって与えられたため、民間機のパイロットが着陸進入を繰り返す必要はなかったという。