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チョコの発見と普及の歴史はトマトやジャガイモ、その他「新世界の贈り物」同様、長らく遺伝学者や歴史学者、考古学者の議論の種であり続けている。長年、最初の「バージョン」のカカオはマヤ文明で考案され、時期はおよそ3400年前だと考えられてきた。
だがカナダのブリティッシュ・コロンビア大学の遺伝学者らはエクアドルで発見された、およそ5400年前のものと推定される粘土製の食器と陶器製の破片を研究した。
研究チームは、カカオ摂取の伝統はエクアドルで、アステカ文明より1500年前(つまり今から5400年前)に生まれただけでなく、南から北へ、エクアドルからメキシコの方向へ普及した。