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アマゾンカワイルカは以前、「危急種（ＶＵ）」のカテゴリーに登録され、個体数と繁殖速度のモニタリングが必要とされていた。今回の新たなカテゴリーが意味しているのは、この動物の数が自然界において極めて少なく、その生息環境に対して大きな脅威が存在しているということだ。
アマゾンカワイルカは、しばしば漁網にかかるほか、漁網を損傷させるとして漁師が捕獲したり殺したりしている。それだけではなく、その個体群に対しては、ダムの建設や、農業と化学薬品による水域の汚染も影響を与えている。
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