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厚生労働省は過去の担当者への聞き取り調査の結果を公表し、少なくとも平成１８年の時点で担当部署が不正を把握していた。
産経新聞によると、職調査計画に「外国人」の項目を追加する変更要請が厚労省職員から事前に行われており、不正報告後に変更が通らなくなることを恐れたため、同職員は不正の報告をしなかったと説明している。
毎月勤労統計の不正を調査する特別監察委員会の運営状況の確認を目的として、厚生労働省は外部の専門家を新たに起用する方向で検討を始めている。こうした背景には、同委員会の調査では、厚労省職員に対する聴取の大半が身内の同職員で行われていたことがある。
